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【求助】sybyl 对接结果如何载入NAMD 进行MD相关计算
各位专家：
我刚刚接触MD，有很多问题。
（1）我想用NAMD对sybyl surflex docking后的复合物进行MD研究。但sybyl似乎对接后不产生配体-受体复合物的pdb文件，只有对接后蛋白及配体各自的mol2文件。我应该怎么办呢？难道直接把这两个mol2文件读到VMD里面去？
（2）如果直接读入mol2，是分别读入产生psf文件呢，还是同时读入并分别生成psf文件？
（3）对于拓扑文件要做怎样的修改呢？
（4）由于有小分子配体在，那么原先的CHARMM力场还能用吗？是换一种力场还是对CHARMM力场文件进行修改？
曾经有帖子说用namd时有一步是用相应的拓扑文件（带有小分子拓扑信息）处理小分子-蛋白的复合物，生成.psf文件供以后的动力学模拟。这句话是什么意思？能否再讲的详细一点？
问题太多了，先问这么多。不好意思！
谢谢大家！
将对接后的配体和蛋白做成一个文件，存成pdb文件即可
配体和蛋白分别是以mol2格式输出，怎么把他们做出一个pdb啊？还有小分子力场和大分子一致吗？
我最近发下pymol可以保存来两个打开的文件为一个
先打开两个mol2文件
再用pymol另存为
按住shift分别选择两个分子
就选择了两个
在保存为pdb之类的所需格式就好了、
后一个问题我也不知道阿
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随时随地聊科研火星又一妹纸大神李珊！教大家用MD制作真实的3D服装！_火星时代吧_百度贴吧
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火星又一妹纸大神李珊！教大家用MD制作真实的3D服装！收藏
导言：大家好，我是李珊，也可以叫我33，目前是完美世界宣传中心视频部的一名3D角色模型师，也是火星63届模型贴图班毕业的学生，今天非常高兴时隔4年回到母校官网来参与火星的特约教程，分享一些我的作品制作心得，说不上是教程，因为自己也在不断探索和尝试，希望通过我的抛砖引玉，能够给大家一点启发，让我们一起制作出更好的CG作品来！使用软件：MAYA、Marvelous Designer、Zbrush首先这里要先安利一下，Marvelous Designer这个软件，这里我简称MD。MD是一个制作服装布料非常好用的软件，他本身是韩国人开发用来制作3D服装设计的软件，但在近两年来被广泛运用到CG工作制作流程中来，虽然不能直接用来做动画，但对于真实布料的解算和制作速度简直加分，软件也比较容易上手，对于次时代游戏模型制作也是非常方便，小伙伴们不妨尝试一下哦！完成效果：
火星时代培养IT高薪人才,学员毕业平均薪资8000以上.火星时代毕业学员技术过硬,名企大公司每月来火星抢人.
这是最近完成的一张个人作品，这张图给我最大的心得就是MD这个软件真心帮我提高了不少工作效率了，对于服装模型的搭建和解算，几个字快准狠，在角色制作方面，之前已经有很多厉害的前辈做过很多相当不错的教程，我这里就不献丑了，这次主要来分享MD的制作方法。具体制作过程：1、素材图片收集整理2、基础模型的搭建3、MD制作布料4、进入ZB进行细化一、素材图片收集整理布料：对于布料真实的解算它的折纹走向我必须要找很多参考图，MD对于服装模型的搭建完全依靠真实服装样板剪裁来生成的~~~~ 下面是我收集的素材图片：
二、人物基础模型的搭建基础模型的制作，我使用的是Maya，每个人的制作习惯不同，小伙伴们也可以选择其他三维工具来制作。这张图我一开始计划是一张半身图，也没有要裸露身体的地方，所以体型我拿基本体搭建了一个差不多的体型后，就差不多结束进行简单骨骼的绑定了，因为只要保证解算布料时身体的形态对布料的影响没有问题就OK，【我这里是因为我懒，有勤劳的小伙伴希望好好练习人体的可以再细化一些也没问题】。
三、Marvelous Designer开始制作衣服这里要先说一下MD的安装，他的安装方法非常简单，从数码资源网下载Marvelous Designer的压缩包进行解压，然后选择32或64为安装文件进行安装。在安装时会提示输入密码，密码为：countryboy，接着一路下一步直到安装完毕。【目前软件更新已经到4.0了】。
安装完毕以后双级图标打开软件
出现这个提示栏，点击确认就OK了，我这里显示中文是我之前预设好的。打开软件后软件会加载一个默认的人体模型和服装，汉化后所有的属性都有中文注解，都可以看得懂，大家可以多多试验这些工具。操作方式也很简单：鼠标右键是旋转，中键是平移和缩放，左键是选择和移动。初次使用这个软件的小伙伴可以看一看这件衣服的剪裁，了解一下MD里面服装的组成方式，它的服装解算缝合关系全部是按照真实的情况来制作的。
好，不废话了，赶紧进入下一个步骤，导入我自己的 人 体 模型。 导入模型的时候这里会有一个设定，一般保持默认就可，中间MM、CM这些选项是选择模型大小的设定，可以根据情况来定。
这是我这次制作的角色的设计图：
接下来我开始制作了 ，先从简单的入手，夹克衫里面也要穿一件衣服哒，设定图是一件长袖T，我为了节约时间，制作做成了背心，这样给后面外套的解算会减少很多麻烦，双层布料的解算会更加的复杂。我按照剪裁样板，创建了相同的形状。左边是三维视角里的状态，左图中彩色的线就是将衣服缝合起来的缝线，首先用矩形工具创建长方体，再用加点工具按照纸样进行形状的调节，制作时先从一边做，另外一半可以鼠标右键进行镜像复制，如图提示，做完纸片，在三维视图里进行位置的调节，最后用缝线工具进行缝合。
如图所示，做好的模型片就像真实的衣服一样穿在了角色的身上，这时候看看右下角的属性栏这里就是布料的一些属性值，汉化后基本都能看得懂。这些属性都可以根据个人所需的情况来调节，选择好质感，物理属性这个选框点击里面有很多种布料质感的属性，我这里选择的是棉布，我挨个儿试验了一下，棉布算是比较中性的质感，布折不会太碎，也不会太硬，很符合我想要的效果。
做到这一步，就差不多了。按照前面的方法和顺序进行制作，下面我用不同的颜色表示出了我的每一块裁片，左右两边相对应都能一目了然；不要着急，要慢慢来。 操作非常简单，大概一下午的时间就将外套制作了出来，接下来的工作就是，解算细节，点击工具栏的结算按钮就可以进行结算，鼠标右键点击衣服任意处都可以进行拖拽，帮助我们实现自己想要的布折效果，右边的属性框大家都可以出调节参数试试效果，要多多尝试！
下面是我进行了一些简单的拖拽，结算出了一些大概的布折。效果还是不错的，这时可以将调好动作的基本体导入，MD会自动进行结算，结算完以后基本就可以导出模型，进入ZBrush进行细化了。
下面是当时制作时ZB里调整过的模型截图： 次世代游戏模型，可以进入ZB重新拓扑，然后将高模细节利用法线烘培到低膜上，就OK了。好的，看完以后相信大家对MD这个软件有了大概了解，MD这个软件给我们带来的工作便利，大家赶紧动手试试吧！关于这个软件我也还在进一步的学习和了解中，大家有什么问题都可以来交流。（完）
给跪了……
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