继第一部之后,主角一行人被送到了一个基地(实验部),当然最开始的时候主角以为这个基地是叛军的.随着时间的推进,主角发现了基地的问题所在,并最终发现了其实这个基地是实验部的,为了活命,他开始带着他的迷宫小分队一路狂奔.随着影片的进展,终于第一次得以窥见移动迷宫的外在世界的背景.在野外,他们见到了废墟一般的曼哈顿岛,黄沙漫天,更有类似于丧尸一般的炫光病人.逃难途中遇到了一伙土匪,土匪在得知他们是干将组织(也即是反叛军)收容迷宫内那些带着免疫体的孩子后(在基地偷听基地管理层谈话所知),决定带着迷宫小队