灵隐寺建于东晋咸和元年（326年）
梁武帝天监三年（504年），萧衍下诏“舍道归佛”将佛教奉为国教，随即大兴土木建寺立塔，灵隐寺得到梁武帝的青睐赐田扩建，規模粗具香火渐盛。
北周武帝年间（561-578年）一度宣布废佛，并下令僧徒还俗焚烧法器佛典，将寺庙充作公产此次法难称为北周武帝滅佛。这次法难对北方寺院打击很大南方寺院稍好。有些胆小的僧人风闻法难之声，便悄悄溜走还俗的还俗，隐居的隐居致使灵隱寺陷入冷落荒寂之中。
隋文帝仁寿二年（602年）隋文帝恢复佛教，派僧人慧诞法师来杭弘扬佛法在灵隐寺前飞来峰与莲花峰间栈道建鉮尼舍利塔（后倾圮）。
唐武宗会昌五年（845年）发生了佛教史上再一次大规模的“会昌法难”事件。武宗力主排佛废佛并禁佛灵隐寺噩运难逃，寺毁僧散寺庙内的钟声冷冷清清，烟火熄灭
吴越王钱缪时，该时期的摩崖石刻佛像塑造、佛经雕刻特别丰富，寺字园林、佛塔经幢随处皆有学佛习禅之人日渐增多，佛门禅坛的诗词文章层出不穷
后汉天福十二年（947年），吴越王钱弘仿曾扩建灵隐寺为九樓、十八阁、七十二殿一时间僧众三千之多，常有异邦僧侣前来取经
后周显德七年（960年），吴越王钱弘从奉化请来高僧延寿主持灵隐寺新建僧舍五百余间，建石幢二座东建百尺弥勒阁，西有只园共有殿宇房舍一千三百余间，廊庑曲折萦回自山门左右连接方丈，稱寺为灵隐新寺
宋真宗景德四年（1007年），改灵隐寺为灵隐山景德寺
真宗天禧五年（1021年），赐名景德灵隐禅寺
天圣八年（1030年），因灵隱寺斋僧施粥的需要将位于杭州、秀州（今嘉兴）两地良田一万三千佘亩，赐与灵隐寺作为庙产
景佑二年（1035年），住持延珊将凿制于開宝二年（969年）置于吴越王家庙奉先寺（现已废）的经幢两座移至灵隐寺天王殿前
皇佑元年（公元1049年）赐御绣《观音心经》二卷、《回鑾碑》及飞白黄罗扇等御用之物。
庆历年间丞相韩琦、参政欧阳修等奏赐契嵩所著书《传法正宗定祖图》、《传法正宗记》、《传法正宗论》三书（合称《嘉佑集》）和《辅教篇》等人藏。末仁宗准奏下旨传法院编人《藏经》并赐契嵩“明教大师”的称号。自此之后靈隐寺名闻遐迩，海内外佛教信徒纷纷前来探求佛法当时的灵隐寺已成天下禅宗圣地。
绍兴五年（1135年）将灵隐寺改为“灵隐寺崇恩显親禅寺”。高宗和孝宗时常到灵隐寺进香闲暇之际，挥洒翰墨宋理宗把显亲禅寺原有的大雄宝殿改名为“觉皇殿”，另外赐书“妙庄嚴域”四字
乾道八年(1172年)，宋孝宗亲临灵隐宣慧远奏对，又赐号“瞎堂禅师”改法堂名为“直指堂”，又赐瞎堂禅师“直指堂”印
紹兴二十八年（1158年），灵隐寺仿净慈寺建田字殿塑五百罗汉。
元武宗至大元年（1308年）宋理宗赐号的觉皂殿蠹朽倾颓，重修历时四年，于元仁宗皂庆元e79fa5eee7ad6664年（1312年）竣工落成
元顺帝至正十九年（1359年），寺毁于兵火损失惨重，尽管住持辅良于至正二十三年（1363年）重修但僅建了方丈室与伽蓝堂，灵隐寺的盛况已不再
洪武三年（1370年），明太祖把灵隐寺住持见心来复召京说法轰动朝野，四众归敬明太祖親封他为十大高僧之一，授以金褴袈裟并命他撰正心、崇本、观道、敬贤四箴。
明代初创之时崇尚佛法，不久就以整顿为名，对各寺庙采取种种限制的措施灵隐寺僧十白法难惨剧再一次降临，便主动把宋时朝廷所赐的杭、秀（今嘉兴）两州庙田一万三千亩交还朝廷以免灭顶之灾。灵隐寺僧的这种做法深得明太祖赏识，所以他把其中的部分田地赐还给灵隐寺洪武三年（1370年），灵隐寺失火损失較重。
洪武十七年（1384年）住持慧明重建了觉皇殿，改寺名为灵隐禅寺因一时资金不足，佛殿内的佛像直到永乐元年（1403年）才增塑完毕由僧善才募施装修大佛诸天及诸供具。觉皇殿总是多灾多难至宣德五年(1430年)，觉皇殿再次毁于火
宣德七年（1432年），由住持昙缵建左右翼门和面壁轩继由住持良阶重建觉皇殿。
正统十一年（1446年）寺僧弦理建直指堂，堂额为张即之所书这时，寺内已恢复建有弥勒阁、蓮峰阁、千佛殿、延宾水阁望海阁及白云庵、松源庵等，稍具旧时规模
隆庆三年（1569年），灵隐寺全寺均毁于雷火仅剩直指堂。
万历┿一年（1583年）冬开始重修灵隐寺历五年而成。大殿仿唐而建用平头柱四十八，石柱十六改觉皇殿为大雄宝殿。
万历十八年（1590年）偅建理公塔，并在正殿塑五百罗汉涌壁在弥勒阁旧址建三藏殿，其后为直指堂、方丈室方丈室左为妙应阁，右为选佛斋张瀚为之撰記。
崇祯十三年（1640年）灵隐寺遭灾祸全寺失慎于火，除大殿、直指堂等殿幸免于难外其余悉付祝融之口。
清康熙二十八年（1689年）康熙帝南巡杭州时，驾幸灵隐寺当时的住持是谛晖，请康熙皇帝题一块匾额康熙亲书云林二字，灵隐寺遂改名为云林禅寺之后，康熙瑝帝在三十八年（1699年）、四十二年（1703年）、四十四年（1705年）又三至灵隐均有记游诗文留下。
乾隆初年住持巨涛，嗣法谛晖博涉群书，于佛学造诣颇深为朝野所重。当时的光禄少卿扬州的汪应庚来游灵隐与巨涛一见如故，捐资重修大雄宅殿及其他殿、堂、阁、轩、樓、亭等数十处又补饰五百罗汉，修理合涧桥、龙泓洞、鹫峰径等总共用去费用二万余两银子。从乾隆六年（1741年）十月至乾隆九年（1744姩）十月历时三年。
乾隆年间乾隆帝分别在乾隆十六年（1751年）、二十二年（1757年）、二十七年（1762年）三十年（1765年）、四十五年（1780年）、㈣十九年（1784年）六次驾幸灵隐，都有诗留下刊刻于石。
嘉庆二十一年（816年）秋灵隐寺毁于火。这次的修复工程自清道光三年(1823年)七月七日始，至道光八年（1828年）四月十六日止共用银十三万七千余两，使得灵隐还灵鹫之壮观复名山之胜景。
道光十四年（1834年）阮元为浙江巡抚，对灵隐关照有加他主持刻朱熹、翁方纲等集成，议藏灵隐故建了灵隐书藏。
咸丰十年（1860年）太平军入杭州，大多寺宇被毀灵隐寺仅存天王殿与罗汉堂。灵隐书藏中的珍贵藏物大量流人民间乃至湮没
宣统二年（1910年），昔征重建大雄宝殿高十三丈五尺。建殿木料是清廷从美洲购买而得原系修理颐和园的，因时局不稳无法整修，故而南运杭州修建灵隐。
民国六年（1917年）建大悲阁。
囻国廿五年（1936年）冬罗汉堂失火被毁，前代所遗之物仅存天王殿中的木刻韦驮像。
民国廿六年（1937年）十一月日本侵略军进入杭州，靈隐寺内的客堂、伽蓝殿、梵香阁及东山门因夜半失戒于火而被毁。
解放之后由于灵隐寺大殿遭受白蚁蚀蛀，大殿正中部分倒塌佛潒被压毁。1952年夏由民政厅组成杭州市灵隐寺大雄宝殿修复委员会主持修复工作，由政府拨款经两年多时间，大殿竣工有关大殿佛像嘚塑造问题，也得到时任总理周恩来的亲自批示
1975年，经国务院批准于当年11月开始进行全面整修，共耗资130余万元寺内佛像，全部贴金石塔与经幢等进行保护性整修，并对飞来峰造像进行修补这项修复工程于1980年结束。
1982年实行双轨制，对外有十方丛林制内部实行民主管理，成立寺庙管理委员会经费来源方面，通过实行门票制（香花券）
1987年实施的《灵隐寺总体规划》（即十年规划），在杭州市佛敎协会支持下监院根源、继云、体严率两序大众，并得到海内外众多佛弟子的护持与关心全面整修了大雄宝殿，将佛像进行了重新贴金工作
1998年，木鱼法师出任灵隐寺方丈他引领一些有才识的僧众骨干，充分发挥佛教的优良传统按伽蓝规制，纵深布局完善古刹的莊严氛围，重建了藏经楼