康熙三十五年(1696年)五月十三日，清军与噶尔丹在昭莫多交战昭莫多之战由两场战役组成：清军的追击战和双方的主力决战。此前噶尔丹生计离间蒙古各部与清王朝的关系，遭蒙古王公告发后清廷将计就计，令蒙古各部假意与噶尔丹结盟趁机派兵攻打噶尔丹。此役康熙皇帝不顾朝廷主和派的反对任命费扬古大将军为征讨厄鲁特军队的前敌总指挥，“悉以西路军,令其统领”康熙皇帝十分重视与噶尔丹的这张战役，其后他亲政噶尔丹分兵三路对噶尔丹军进行夹攻。

康熙三十五年(1696姩)五月三十日清朝西路军与败逃的准噶尔但军队相遇至昭莫多附近，展开了一场正面交战此时的厄鲁特军因连日连夜赶路而疲惫至极，加上路上粮食供应不足因而战斗力较差，而清军却是以逸待劳最终厄鲁特军队被击溃，逃跑者或被清军追杀或跌落悬崖致死。噶爾丹部众大多降清康熙三十六年(1697年)其在众叛亲离,进退无路的困境下，服毒自杀昭莫多之战清军共杀厄鲁特军二千余人，俘获数百人取得了一场大胜。