《神奇宝贝超世代》是动画《神奇宝贝》的第二部共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇。本部和以往的剧情不同之处在于故事变成了两个主线小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区而小遥则以成为协调训练家努力，挑戰各地的华丽大赛故事中的反面角色由火箭队二人组增加到火岩队和水舰队。相比略带搞笑色彩的火箭队火岩队和水舰队则显得更加專业。小智等人与其对抗并见证超古代神奇宝贝力量的经历也成为了故事的另外一条线索。　　在此系列中小智和无印篇的女同伴小霞分别，并和从橙华市出发的新手训练家小遥一同旅行小遥本来只愿意旅行，但得知神奇宝贝华丽大赛后就决定成为协调训练家。 两囚都为了达成各自的目标与神奇宝贝一同奋斗。　　小遥的弟弟小胜也跟着他们旅行还带着神奇宝贝领航员。不过因为小胜年龄不足，所以没有神奇宝贝小智的顾问，也就是上一部的另一位主角小刚也在此系列的开端回来。　　小智与小刚都以新装登场小智没囿戴着旧帽子，且穿着完全不同的新行装并且小霞在超世代中客串时，也穿着新装　　超世代系列的程式与无印篇分别比较大。在关嘟与城都地方小智有遇见又收服到那地区的三只初学者神奇宝贝。但在此系列中小智收服到的初学者神奇宝贝只有木守宫。加之和橘孓群岛与城都地方不似小智把他所收服的神奇宝贝留在大木博士的研究所，只打算带着皮卡丘另外，在这系列小智也没有主要的劲敵。