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时间：2018-04-27 08:16
突变相关分析的时候我们经常会選择瀑布图进行展示瀑布图看起来十分的复杂高端，但是实际上只需要用一个GenVisR的R包即可解决今天就让我们来看...
这篇文章可以让你学到什么？ 可以让你把这样的图： 通过设置各种参数修改为这样自定义的图： 一、 本文使用的数据 我们使用R内置的数据集Chick...
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其实不论是PCoA还是PCA图均是用散点图来展示结果PCoA和PCA的结果PCoA和PCA准确来讲是数据降维分析方法。顺便值此佳节祝福各位和...
原标题：绘一棵超酷炫的系统发育树！
系统发育树也称为系统发生树、聚类树或者进化树它以树状结构表示各个节点的进化和亲缘关系，枝点可以是物种和基因等在系统发育分析、基因家族和物种进化分析中经常会看到此类图片。
是不是很漂亮你的呢？还是像这个吗
想要让你的图也像别人的那样漂亮吗？
来我给你推荐一款强大好用的在线软件绘图工具—iTOL，让你的论文也有颜值担当！
iTOL是一款进化树在线展示及注释工具操作比较簡单，但功能非常强大不仅能够对进化树实现调整树枝、标签的颜色、形状和字体等常规编辑，更能导入不同的注释信息展示更多的數据信息。iTOL网站地址：/provider/009/course.htm?share=1&shareId=
系统发育分析是一项耗时、複杂的工作为了推导出更接近真实演化历史的结果，研究者们通常需要进行多次分析以评估不同数据集、演化模型、建树方法及软件参數对建树结果的影响另外，不同软件支持不同的输入格式而不同文件格式之间转换繁琐，有时还需要通过终端命令行甚至编程实现洇此，批量、多核运行、文件格式自动转换以及流程化操作已成为大多数系统发育学者的迫切需求
为解决上述问题，水生所王桂堂研究员团队经过三年的努力与福建农林大学高芳銮副研究员合作开发了一个操作简单、界面直观友好、无需编程基础、自动化输入输出嘚系统发育分析平台—PhyloSuite。该平台的主要特色包括：①支持Windows、Linux和MAC OSX三大操作系统跨平台运行；②灵活的序列提取功能包括提取线粒体基因组、叶绿体基因组、核糖体rDNA基因（18S/28S）等，并且支持自定义提取；③整合了当下最流行、最常用的系统发育分析软件（如MAFFT、MACSE、HmmCleaner、PartitionFinder2、IQ-TREE和MrBayes等）并賦予它们批量、多核运行功能，大幅提高系统发育分析效率；④联合上下游分析软件自动整理输入和输出文件；⑤流程化系统发育分析，只需输入文件并配置好参数即可一键完成系统发育分析；⑥结合iTOL快速完成系统发育树美化；⑦支持大尺度范围内细胞器基因组的荟萃汾析（meta-analysis）；⑧NCBI氨基酸（Protein）和核苷酸（Nucleotide）数据库检索功能，方便获取相关的基因数据
PhyloSuite门槛低，并配有相关资料、教程可使初学者快速入门系统发育分析。更重要的是PhyloSuite针对基于基因组、转录组以及细胞器基因组（线粒体基因组、叶绿体基因组等）等的多基因联合分析進行了一系列优化设计：①灵活的序列提取功能，可以快速从海量数据中挖掘到需要的信息；②新增多基因串联功能可与下游分析完美結合。
该软件一经发布就受到广泛好评，其GitHub网页以及bioRvix预印版累计引用达35次IQ-TREE的作者Bui
目前，PhyloSuite已协助完成基于线粒体基因组的鱼类寄生虫系统发育研究近20次一系列相关成果已在《Genome Biology and
本项工作主要由博士研究生张东等人完成，通讯作者为王桂堂研究员和李文祥副研究员该研究得到国家自然科学基金和国家大宗淡水鱼产业技术体系专项资金的资助。
