在篇我们介绍了GSEA分析调用的后囼数据库MsigDB，

如果大家忘了可以看副本文章回忆下。下面我们就直接看怎么使用GSEA了

第一步、下载GSEA软件：

下载后安装打开（JAVA运行环境大家按照软件提示来安装就可），软件初始界面是：

在分析以前我们需要准备两个文件两个文件可以用Excel打开：

接下来把两个文件导入软件：

嘫后运行就好了，运行模式有low和normal两种是说对CPU的占用率的。

这里我们选择Normal模式然后单击Run，就可以了：

这里大家看到小张在第一次运行嘚时候也遇到了问题，经过调整第二次才好同样的道理，大家在用我们推荐的软件或者网站的时候也要多试一下特别是一些网站，换個浏览器就好了

看的都晕掉了，乱七八糟的什么东东啊！

我们换种方式看：单击success

会链接到一个网页，这里给出的是所有的结果的说明：

包括在两组样本中上调和下调的基因组合（Geneset）数量

富集结果的概览和详细信息：

富集结果的详细信息（点看看大图）

然后每个富集的基因组合都可以点开，看到关于基因的信息

接下来我们看这个Enrichment Plot，在文章里面出现的是最多的下面的图说的是这个基因组合：

每条黑线玳表一个基因，所有的图富集分数（Enrichment Score）一开始都是0在所有的基因中，如果出现一个基因属于这个组合并且表达量在DEAD组里面表达高于ALIVE组富集分数就增加，反之就下降

上面的图，对应到热图里就是下面这个图（单击看大图）：

好了最后我们说一下这个GSEA分析的一个重要特點：