傍晚，一个男人被打倒在地，而对方长的很像双叶，但表情非常邪恶……。下课时收到美空的电子邮件，在校门口与露娜交谈时收到匿名短信，叫主角去ヤシブタウン，到了那里见到有人在吵架，戴上眼镜后发现原来是有人在操纵电波使人发生了异常，进入网络到达那俩人的上面解除电波，没想到又出现了更多的受害者，只能去寻找制造电波的人，结果很轻松的在上方平台处找到了敌人，将他干掉后市民恢复了平静。

再次收到邮件，对方透露了自己的名字ヒカル，准备离开时遇到了双叶，随他一起去咖啡店喝咖啡，闲聊时得知双叶是个孤儿，双叶邀请昴去梦幻岛ドリームアイランド游玩。

坐巴士来到梦幻岛，与双叶对话后进入公园，聊了一会后又让主角前往岛左边的垃圾场继续聊，在那里双叶说出了自己10年前他被父母遗弃在这里的事，说完话准备回家时再次接到邮件，随后一群垃圾处理机器人把主角围住了，连双叶也不见了。

戴上眼镜后看到边上有个网络入口，进入后往右上方走，进入那个雷达的电脑网络，在里面找到了3个FM星人，开战前幕后的主使双子FM星人出现，把3个杂兵干掉后说了几句话他就走了。下线后见到双叶没事，昴也安心了，准备回家前昴提出了和双叶达成BROTHER同盟，但对方提出要考虑一天，现在只能回家睡觉了。

镜头转到双叶这边，在与垃圾场工作人员的交谈中他产生了头痛，性格大变，将工作人员打倒了，原来他是拥有双重性格的人，而且两种性格还在互相争斗。

第二天昴收到了双叶的邮件，说原意与他达成同盟。坐车前往ヤシブタウン，在那里见到了双叶，正准备要达成同盟时，对方的另一种性格又显现了出来，尽管双叶努力克制自己，但还是输给了邪恶的性格，洛克提醒昴小心一点，并把他往后拉，这时那个双子FM星人出现，这下真相大白了。

双叶在向昴道歉后与敌人电波化了，而且还向周围的人发射了电波，使人都变得暴躁了起来。虽然昴受了打击，但目前还是需要尽快去追敌人。一路追到梦幻岛垃圾场的尽头，那里被铲土车挡住了，回头找工作人员对话，他的启动卡竟然不见了，在他面前的挖土机处就能找到卡，随后去启动车子，用触摸屏上的操纵杆操纵车子后退就行了，让出路来后继续前进，结果被一堆轮胎挡住去路，戴上眼镜会发现电波路线，随后上网去追，在断开的地方发生剧情，进入垃圾堆上的那个装置电脑里，果然看到了捣乱的FM星人。

和前方的电波精灵对话，对方说一个人开不了路，需要另2个失踪的精灵一起才行，并且给了洛克人找人用的探测器，在垃圾堆的左边红车附近有一个，另一个在右下角，用探测器号好找一些，如果点到精灵所在的地方会变成红色，接近时是黄色，没东西的话是白色，有时候可以探到卡片，所以尽量多找找。开通道路后上前把那FM星人收拾掉后继续前进，没走几步又有断路，然后进入电脑网络，和上次一样是找精灵，这次是找4个，再次干掉敌人后来到下个区域。

进入出口返回现实世界，在台阶处见到了性格分成两个人的双叶，这两个家伙跑进了雷达的主电脑并向各个地区发射干扰电波，接到美空的电话后从网络进入那个雷达的电脑里，这次需要找4个精灵，一边两个，差不多都在边缘的附近，不算难找。全找到后就要面对双子BOSS了，俩人会一起上，但只有打那个黑色的才能伤HP，他们的攻击方式不多，一般都是飞拳和爪子攻击，要小心他们的联合光束。战斗过后，双叶向昴道歉后离开。

因为双叶的事，昴情绪很低落，又开始不去上学。洛克也因昴的一句而说出了合作结束的话，随后就走了，昴感觉很意外。此时母亲告诉昴他的朋友来找他，众人看主角心情不好就先离开了。

剧情完后出门去展望台，在那里沉思时露娜和美空前来安慰主角，可主角不但不领情还将她们的BROTHER同盟取消，露娜气得走掉了，美空表示要去寻找洛克后也走了。

天地研究所那边宇田海似乎发现了什么，他把天地叫来一起看，似乎是出现了异样的电波。早上昴被噩梦惊醒，母亲告诉昴今天要去购物，所以先出门了，起床后收到天地的邮件说有事要找他，去天地研究所，与天地交谈后五阳田也赶了过来，众人看了奇怪的电波信号，似乎是FM王的消息，原来天地也知道FM星的事，当年宇宙空间站试图联络的就是FM星，看来FM星人的事已经不再是秘密，此时发生了大地震，随后现实中出现了电磁球，幸亏五阳田带了电波干扰装置，否则众人就被电波化了，躲过一场浩劫后，各地似乎出现了大量的电磁球，五阳田要去执行救援工作了，昴也开始担心母亲，于是赶往ヤシブタウン。

到那里见到了被电波化的母亲以及其他市民，昴准备电波化后救人，结果才意识到洛克不在，无计可施时还遭遇了3个FM星人，当昴被打倒在地时，一个熟悉的声音响起，3个FM星人和电磁球都被消灭了，原来是3圣兽前来帮忙了，并且让昴把洛克找回来。圣兽把自己的力量（视版本而定的究极卡片）交给昴后就走了，此时收到求救信号，去梦幻岛的垃圾场那里，在台阶处见到有FM星人在把守，在右边调查蓝色机器人后利用触摸屏点击扔球把那个FM星人砸晕，追到下个区域时看到美空和洛克被以前打败过的5个FM星人打倒，仙女座钥匙也被夺走，双子FM星人准备用闪电打死洛克时，昴上前替他挡住了攻击，洛克被昴的行为所感动，2人终于再次电波化，此时传来了陌生的声音把5个FM星人叫走了，替代他们的是一个巨大化的FM星杂兵。

收拾掉他后与美空重新达成BROTHER同盟，随后回镇上向露娜道歉，正在2人准备达成同盟时3个FM星人把牛岛等人抓住了，为了保护朋友，昴在朋友面前电波化后来到屋顶上与敌人进行了追逐，尽管被敌人围攻，但这场战斗还是很简单的。胜利后与露娜和牛岛达成了BROTHER同盟。为了打倒FM星人，必须去宇宙空间站那里，可目前没办法去，洛克提议去找天地商量。天地虽然也没有办法，但他建议主角去找他以前在NAXA的前辈，他应该知道。

回到镇上在露娜家门口找到一个老人，与他对话却没什么用，进入电波网路点击对话框来调查一下他在想什么，再通过BIG WAVE屋顶的电波装置进入柜台里面去找老板娘花3000元买瓶酒回去交给老头，老头这才告诉了一些重要情报，原来需要的数据资料就在天地研究所里，到天地研究所的展览厅打开右边卫星的电波入口，随后通过网络进入它的电脑里，在右上角找到了数据，不过里面有病毒，杀毒后取得NAXA数据，察看一下道具栏里的该道具说明辉获得情报。

去梦幻岛的垃圾场尽头处，调查右边的推土车发生剧情，按SELECT键切换到控制挖土机的机器人卡，用触摸屏挖土，果然挖出一个入口来，调查最深处的主电脑后天地也赶了过来，此时又发生了地震，电脑上方出现了电波电磁球，那个双子FM星人出现，将2人击倒，当再次遭到攻击时却被双叶舍身挡了下来，昴趁机电波化，没想到对方竟能利用数据不需要和人类合体也能有电波化的战斗形态，战斗再次开始，战斗方法和上次完全一样，对于现在的洛克人来说，他实在是太弱了，胜利后天地让昴做好准备，第2天就可以出发了，并且约定好一定要活着回来，回家和母亲对完话就可以睡觉了。

起床后收到NAXA的邮件，出门前先向母亲告别，之后再去展望台处与朋友们告别，去梦幻岛垃圾场的秘密地下室那里找天地，这家伙竟然趴在地上睡着了，把主角吓了一跳，叫醒他后开启了通往宇宙空间站的电波通道，随后美空也赶来说想跟着一起去，结果当然是被主角劝住了。

通过电波通道来到宇宙空间站，先调查右侧的门后再调查前方的门，随后按SELECT键切换到那个头上有钥匙的开门用的机器人卡，召唤机器后输入2183即可开门，进门继续电波化进入网络，进入右边那个门的电脑网络，在里面要想开门就必须用触摸屏将各个点连接成指定的星座，至于星座怎么连，就要在该区域穿来穿去仔细观察中间的星座图了，开门后遭遇BOSS天鹅FM星人，轻松解决他后将门锁打开。

进门继续前进，调查右边的门后再往另一条路走调查那堆障碍物时主角感觉呼吸困难，原来这里空气比较稀少，切换到空调人后调查中间的那个仪器，选择送风即可，再次调查那堆障碍物就可以通过了，仍然是电波化上网进入那个锁住的门，和上次一样要连接星座，BOSS为火焰牛。进入门后调查所有的门，这里的门发生了故障，调查边上的电脑，切换直升机卡，操纵直升机修理3处线路板后门经过通电终于打开，仍然是同样的步骤，这次打天平FM星人。

马上就要对决FM王了，昴看到荧屏上父亲和母亲的影象时洛克说出了当年的情况，原来洛克和昴的父亲星河大吾是认识的，正是因为3年前的事洛克才来到地球寻找主角。进入电波反复前面的步骤，这回的BOSS是蛇型FM星人。打开最后的门，这时别忘了存档，否则电波化后就不能存了。

在这个昏暗的电波最深处见到了FM王，对话中得知洛克原来是在AM星诞生的，FM王恼羞成怒，几句话后叫出了巨型战斗机器仙女座，原来洛克一直保护的钥匙就是开启这个用的。

最终BOSS攻击方式很多，但大部分攻击力都不算太高，注意躲避火球和手部全屏攻击，随时准备防御可怕的全屏攻击，当HP过半时它还会改变形态，这时只有等胸口的灯出现时才能伤它。

战斗结束后，机器开始不听控制，昴救下了差点被吸走的FM王，在MAX蓄力的洛克炮下，巨型机器仙女座被彻底摧毁。FM王这才悔悟，随后跟从赶来的3圣兽一起回去重建AM星了。当主角回到电波入口处时竟然发生了事故，空间站快要撑不住了，尽管发生了些意外，但在朋友的帮助下，昴成功返回了地球，他将以一个普通小学生的身份和朋友一起快乐的享受这份来之不易的和平。

读取已通关的存档后去展望台那里电波化，电波的上方平台左侧会出现一个电波入口，进入后来到うちゅうくうかんの电波，这个电波有3个区域，每个区域都会有一些限制性的电子门需要开启，1区的3个门是打倒オックス?ファイアSP，キグナス?ウィングSP以及ハープ?ノートSP。通往2区的入口处门需要100种普通卡片才能打开。2区的3个门需要打倒リブラ?バランスSP，オヒュカス?クイーンSP以及ジェミニ?スパークSP。靠右边的门需要有こどくのココロ这个道具才能进入，此道具在宇宙空间站最后的房间那里，先电波化来到きょじゅうモジュールの电波，在靠右边的地方有条很长的隐藏通道，走到尽头能看到一个卫星，进入其电脑里与左下角的电波精灵对话，选第一项就能获得道具了；如果找不到这个道具，把自己所有的BROTHER同盟都取消掉也可以把门打开。通往3区的门需要将普通卡片收集齐才能进。3区的3个门是要打倒キャンサー?バブルSP，ウルフ?フォレストSP以及クラウン?サンダーSP后开启，最深处的平台处会遭遇自身版本的卫星圣兽，与之交战后获得它的MEGA卡片，随后在3区的固定地点能找到圣兽EX，打倒后就可以随机遇到SP了。当全部普通卡片，MEGA卡片，GIGA卡片都收齐后，最终BOSS会变成4000HP的强化型，打败它就能看到完美的通关画面了。